Wolfram Language

Importez et utilisez les métadonnées du microscope

Les méta-informations de l'image telles que la modalité, l'appareil d'enregistrement, le temps d'exposition, etc. sont généralement stockées dans les métadonnées d'un fichier image. BioFormatsLink est un progiciel permettant d'interagir avec la bibliothèque Bio-Formats pour importer des données d'images et des métadonnées dans Wolfram Language.

Téléchargez et décompressez un fichier ZIP Leica LIF d'une partie de rein de souris, fourni par Jean-Yves Tinevez du PFID Imagopôle de l'Institut Pasteur à Paris.

Importez la première série d'images sous forme de volume 3D.

Visualisez l'ensemble des images.

Extrayez la méta-information simple sous la forme d'une liste de règles.

Importez la méta-information OME sous la forme d'une structure XML.

Extrayez les informations relatives au voxel de la première série d'images sous la forme d'une liste de règles de remplacement.

Créez la taille du voxel dans les directions , et sous la forme d'une liste de quantités.

La première série d'images a été acquise par la méthode de déplétion par émission stimulée (STED). Ici, les longueurs d'onde laser utilisées dans cette modalité sont extraites.

Établissez une liste des longueurs d'onde laser appliquées.

Il est possible d'extraire beaucoup plus d'informations, par exemple les caractéristiques du microscope et du filtre, les dates d'acquisition, le codage des données et des canaux, etc.

Exemples connexes

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