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문자열 분해

유전자의 염기 목록의 코돈 (연속 3개의 뉴클레오티드 그룹)의 상대 빈도를 조사합니다.

인간 유전자 "SCNN1A"의 DNA 서열을 얻습니다.

In[1]:=

dnasequence = GenomeData["SCNN1A", "FullSequence"];

StringPartition을 사용하여 대응하는 코돈의 목록을 구축합니다.

In[2]:=

codons = StringPartition[dnasequence, 3];

In[3]:=

Take[codons, 10]

Out[3]=

이 유전자의 각 코돈의 상대 빈도를 계산합니다.

In[4]:=

frequencies = N[Counts[codons]/Length[codons]];

A, C, G, T 뉴클레오티드에서 형성된 64개의 가능한 코돈이 있으며, 이들 모두는 선택한 유전자에 포함되어 있습니다.

In[5]:=

frequencies // Length

Out[5]=

빈도가 가장 높은 세개의 코돈을 구합니다.

In[6]:=

TakeLargest[frequencies, 3]

Out[6]=

빈도가 가장 낮은 세개의 코돈을 구합니다.

In[7]:=

TakeSmallest[frequencies, 3]

Out[7]=

전체 상대 빈도를 Grid를 사용하여 시각화합니다.

In[8]:=

background = Thread[Rule[ Flatten[{ Outer[List, Range[1, 15, 2], {3, 4, 7, 8}], Outer[List, Range[2, 16, 2], {1, 2, 5, 6}] }, 2], GrayLevel[0.9]]]; Grid[Partition[Sequence @@@ Normal[KeySort@frequencies], 8], Spacings -> {1, 1}, Dividers -> All, Background -> {None, None, background}]

Out[8]=